Действие Vampire Knight происходит в Академии Кросс, престижном частном учебном заведении с не совсем обычными классами. В Академии Кросс два отделения: Дневное и Ночное. На Дневном учатся обычные люди, а ученики Ночного - элита, и все красивы как на подбор. Но студенты и большинство штата Академии не подозревают, что Ночной Класс полностью состоит из вампиров. Главная героиня, Юуки Кросс, является одной из немногих, кто знает тайну Академии. Юуки - староста Дневного класса, и ее основная задача - защитить тайну Ночного класса и уберечь своих одноклассников от его студентов. Помогает ей в этом Зэро, также ученик Дневного класса и староста, ненавидящий всех вампиров за то, что они убили его семью.